Ecole Chercheur INRAE / CNRS, organisée par le Réseau Matière Organique

Les sites expérimentaux pour la recherche sur les matières organiques: Instrumentation, Gestion, Implication Territoriale

Comité scientifique

Delphine Derrien, INRAE BEF Nancy
Marie-France Dignac, INRAE iEES-Paris
Pierre Faure-Catteloin, CNRS Liec Nancy
Laurence Huault, Université de Lorraine, LIEC Nancy
Pierre Leglize, Université de Lorraine, LSE Nancy

Ingénierie de formation et pédagogique

Animation et activités sonores

Vincent Boly, ENSGSI
Tifanie Bouchara, Université Paris-Saclay
Coralie Maurin, INRAE Paris

Objectifs de la formation
Définir et comprendre les objectifs scientifiques d’un site atelier en lien avec les services écosystémiques des matières organiques ;
Savoir évaluer quand et comment combiner approche laboratoire et terrain ;
Appréhender les possibilités et les limites des observations sur le long terme et des manipulations ponctuelles ;
Sensibiliser et familiariser les participants aux nouveaux outils de mesure in situ pour qu’ils s’approprient la démarche d’utilisation de ces outils ;
Appréhender les possibilités et les limites des outils (possibilités conceptuelles et pratiques) pour pouvoir les utiliser pour leurs propres questions de recherche ;
Sensibiliser et familiariser les participants aux problématiques d’échantillonnage (hétérogénéité naturelle spatiale et temporelle, gestion des échantillons, traitement statistique, nouveaux capteurs pour les mesures in situ) ;
Enrichir les approches expérimentales des participants ;
Réfléchir à la démarche nécessaire pour gérer, traiter et stocker les données ;
Concevoir des approches intégratives à l’échelle du territoire ;
Débattre de la pérennité des dispositifs expérimentaux (finance, réglementation, diffusion et partage des données) ;
Sensibiliser les participants à d’autres formes d’expression des données, utiliser le son comme nouvelle approche de recherche et comme outil de vulgarisation dans un contexte pluridisciplinaire. 

Textes écrits lors de la séquence « textes à 6 mains » des ateliers d’écriture de l’école-chercheur Micmo

Je quittais la cour bruyante de mes grands-parents

Je quittais la cour bruyante de mes grands-parents, accompagné par les aboiements des chiens impatients d’aller à la promenade.
Une fois la grille ouverte, il fallait traverser la rue. S’ouvrait alors la falaise, haute pourtant d’à peine 5m, taillée dans les lœss. Une aventure pour un garçon de 5 ans.
Après avoir escaladé l’obstacle, se dévoilaient à moi les champs, ce grand espace de liberté balayé par les vents qui faisaient danser l’herbe. Nous pouvions lâcher les chiens.
Je longeais la clôture des pâtures des vaches, puis des chevaux, en inventoriant les cartouches de chasse que les chasseurs avaient laissées, et qu’avec mon oncle nous avions récolté pour les attacher aux barbelés durant nos aventures précédentes. Autant de balises rassurantes.
Une caresse sur le nez des chevaux puis arrivait la lisière du bois. Un bois en pente, près du mur des bonne-sœurs, rythmé par les terriers de lapins et de renards.
Encore quelques mètres et nous parvenions au Graal. Quelques dizaines de mètres carrés de prairie dans laquelle subsistaient, encore, les trésors que nous étions venus chercher : des tremblotes (Briza media).

Et donc, j’étais là, ligoté sur un autel d’encyclopédies périmées, à deux doigts d’être sacrifié aux forces du mal par une secte d’infâmes bibliothécaires… 

Et donc, j’étais là, ligoté sur un autel d’encyclopédies périmées, à deux doigts d’être sacrifié aux forces du mal par une secte d’infâmes bibliothécaires… Comment ai-je pu en arriver là ? Pourquoi tant de haine ? J’essaie de leur dire que ce n’est pas de ma faute s’il y a une tâche de terre sur mon livre, promis je le nettoierai. Que quelqu’un vienne à mon aide ! Soudain, traversant la fenêtre, Spiderman entre dans la pièce…

Pourquoi lui ? Pourquoi maintenant ? Sont-ce les bibliothécaires qui l’envoient ? Quoi ? Ils savent déjà ? Mon front perle, mes poils se hérissent, ma bouche est pâteuse. Je m’enfonce profondément dans ma chaise. Je pose la main discrètement sur la tâche. Peut-être n’y verra-t-il que du feu ? Je repère une forme singulière et familière qui dépasse de son justaucorps…

Une forme allongée, à l’embout saillant, dont l’extrémité luisante fait immédiatement resurgir en moi des souvenirs enfouis. Cet objet avec lequel les garçons de ma classe adoraient jouer… Mais oui, bien-sûr, un effaceur d’encre ! Brave Spiderman ! Je mesure les efforts qu’il a dû fournir pour grimper jusqu’ici au 4^ème étage de la bibliothèque universitaire pour m’apporter cet outil de dernier recours pour effacer cette maudite tâche sur la couverture. Hélas ! Les muscles extraordinaires de mon sauveur et le jus d’araignée n’ont visiblement pas été suffisants. Comment expliquer à ce pauvre Peter encore plein d’espoir et de naïveté qu’une tâche d’oxydes de manganèse fixée par une argile bien grasse se moque bien du bisulfite de sodium dont regorge l’effaceur ? Il est vrai que Peter n’a jamais fait partie des étudiants les plus attentifs à mes cours de biogéochimie des sols. Si au moins il avait pu être présent pendant la sortie terrain et éviter que ce beau référentiel pédologique se souille dans la fosse… J’en veux finalement plus à cet imbécile qu’à ces infâmes bibliothécaires. Au moins eux se soucient-ils du travail bien fait. Dépité, je tends le cou sans état d’âme à la documentaliste qui s’apprête à m’égorger.

Il en fallait de la méthode. Beaucoup de méthode. Mais aussi de l’imagination.

Il fallait de la méthode. Beaucoup de méthode. Mais aussi de l’imagination.

Tous les lundis, Paul avait rédaction de français « Racontez votre dimanche ». Mais, Paul, accroché à sa console de jeux, n’avait rien à raconter. Sauf ce dimanche-là, sa mère se coupa le doigt en tranchant le rôti. Il y avait du sang partout sur la nappe. C’était dégoutant.

Le lendemain, il raconta dans sa rédaction la mésaventure de sa mère et il eut une bonne note.

… Voilà, il fallait qu’il se passe quelque chose le dimanche pour avoir une idée de rédaction. Toute la semaine, il réfléchit donc à ce qui pourrait bien se passer le dimanche suivant. Et, le dimanche suivant, comme à l‘accoutumée, le rituel repas familial. Malheureusement, ce dernier se déroula dans le calme et d’une façon on ne peut plus lisse. Paul retourna dans sa chambre et passa l’après-midi scotché à sa console de jeux.

En début de soirée, Paul entendit la voie de sa mère lui demandant de venir diner. Il prit la direction du salon et tomba dans les escaliers. Ses parents se précipitèrent et par chance, il n’avait rien. Tout le monde fût rassuré mais Paul était bien embêté Il n’avait toujours rien à raconter qui lui aurait valu une bonne note en français.

Il implora sa mère d’allumer des bougies, l’ambiance de la soirée serait plus sympa. Alors, que ses parents prétextaient qu’il n’y avait pas le temps pour cette extravagance : panne de courant. Les dieux étaient avec lui. On alluma donc des bougies. Sa mère partit s’occuper du rôti et, son père du compteur électrique. Paul fit tomber sa chandelle sur la table et le feu commença à prendre sur la nappe. Paul cria tout de suite, mais le temps que ses parents arrivent, le feu s’était propagé aux rideaux. Son père n’arriva pas à dégoupiller l’extincteur et se maudit de ne pas avoir eu le temps de le faire réviser.

La famille se retrouva sur la pelouse à regarder impuissante se consumer la maison et attendre l’arrivée des pompiers. Seul Paul esquissait un petit sourire…une rédaction comme celle-là allait lui rapporter au moins 15…20/20 
Mais, qu’est ce qu’il allait bien pouvoir trouver pour le prochain week-end ?

Il en fallait de la méthode. Beaucoup de méthodes. Texte 2

Il en fallait de la méthode. Beaucoup de méthode.

Natacha s’était appliquée jusque là à étoffer la discussion avec les rares arguments encore censés que son état de fatigue le lui permettait de concevoir.

Trois semaines entières, recroquevillée sur cet article et, elle n’avait accouché que de trois nouveaux paragraphes obscurs et faméliques. En relisant une nouvelle fois le manuscrit, Il était clair que la section « Méthodes » était vraiment sous dimensionnée. Une quinzaine de lignes, à tout casser, non, c’était vraiment trop peu pour atteindre l’objectif des 6000 mots que son impénétrable directeur de thèse lui avait demandés. Natacha pouvait compter sans aucun doute sur l’explication de tous ces acronymes : qPCR, DNA-SIP, 16S, et j’en passe pour gonfler un peu la « Méthode » et rééquilibrer son monstre. Et, peut-être rajouter une description exhaustive du site d’origine de ces boues de station d’épuration, le détail de bioprocédés et les coordonnées GPS de l’installation. 

Soudain, une idée lumineuse réveilla son esprit. Natacha se souvient d’une présentation d’un collègue de licence, il y un mois : l’utilisation des microorganismes pour la bioremédiation de l’environnement. Avec cette idée, une lumière s’allume dans cet obscur endroit…Il n’y aurait pas besoin d’écrire « la Méthode » pour cet article si elle quittait la thèse pour créer une start-up. Elle se redressait dans sa chaise et elle tapait « comment créer ta propre start-up ». Après une heure de recherche, elles se rendit compte qu’une start-up serait encore pus difficile que ces « méthodes » et, vaincue elle est retournée au document word où son article l’attentait.

Elle m’a dit qu’elle avait désormais un nouveau projet. « J’étudie la lignine ! » s’est-elle enthousiasmée. 

Dans ma tête les « i » sont entrés en collision avec les « gn ». J’ai dû faire répéter. 

« Mais qu’est-ce que cette lignine » ai-je ensuite demandé.

«  Imagine de petits hexagones sui se resserrent et s’assemblent, tendant parfois leurs bras vers le lointain. Ils forment comme un échafaudage qui soutient l’arbre et lui permet de monter vers le ciel. »

Texte écrit lors des ateliers d’écriture de l’école MicMO

Texte écrit par un participant à l’école-chercheur MicMO

Pose ta feuille morte,

Perturbe pas les cloportes,

Laisse-toi gagner par les hyphes fongiques, 

Dégrader ta matière organique.

Complexe avec la montmorillonite, 

Tu le publieras bien ton article, 

Avec de beaux graphiques,

Pour un H-index stratosphérique.

Pose… ta tarière,

Echantillonne pépère,

Jongle avec les pipettes,

Béchers et éprouvettes,

Traque l’ADN et les biomarqueurs,

Maîtrise ta chromato et tes ardeurs.

Trace les animaux gnotobiotiques,

Et valide ton assignation taxonomique.

Pose ton flux… laminaire,

Pose to flow… cell.

Texte écrit par un participant lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier.

Montmorillonite, vous représentez pour moi un mystère bien compliqué. Orgueilleuse, je vous sais gonflée d’importance car consciente de votre rareté et de votre valeur. Car Madame n’est pas une simple argile, un vulgaire matériau qui ne servirait qu’à faire pétiller les yeux d’un minéralogiste exalté. Non, vos quartiers de noblesse, usurpés auprès d’un petit village français dont vous portez le nom, autorisent à vos yeux la préséance sur tous les autres paramètres du sol, menaçant celui-ci d’une indigne crevasse à la moindre sécheresse. Les pétroliers vous convoitent pour leur forage off-shore, les analystes vous désirent, vous qui êtes soi-disant la princesse de l’épure. Mais votre hubris un jour vous lessivera certainement, car tous ici savons que malgré vos efforts pour spécifiquement occuper toute la surface de votre hôte sol, vous n’éclipserez jamais, Madame, l’éclat de la matière organique.

(Textes écrits lors de la séquence « Ecrire c’est Choisir »)

Version 1

Le soleil se couche à peine sur le complexe sportif du Moulin Bleu à Marcelcave que les héros de la soirée s’engagent sur le ring. Après le discours de bienvenue du Député-Maire de la commune, et dans une salle à guichets fermés, les protagonistes revêtus de leurs habits de lumière s’affairent aux derniers préparatifs. A ma droite, Spiderman, collant bleu et rouge, 80 kg à la pesée. A ma gauche, Pseudomonas dignacii, difficile à percevoir si ce n’est par la délicate lueur du fluorochrome dont elle est affublée pour l’occasion.

Rappelons les forces de chacun : Spiderman prétend au titre mondial des arachnides mi—lourds après sa victoire contre le joker. Il est souple, il est fort. Pseudomonas est toujours à la recherche d’un premier titre. Manque de visibilité, manque de performances. Ou du moins des performances qui restent difficiles à évaluer. Pourtant, on la surnomme « Le couteau suisse » pour ses nombreuses fonctions et services.

Il n’y a pourtant pas de combat ! Par une succession rapide de coup droitases, uppercutases et de directases assénés au plexus, l’outsider vient vite à bout de l’arachnide en collants. KO au premier round, la messe est dite. Vexés d’avoir dépensé leur pécule pour un simulacre de spectacle, les marcelcaviens enfilent un gilet jaune et défilent sur les Champs Élysées de Marcelcave.

Version 2

L’action Bactérie and Co a perdu 5% à la bourse de Francfort ce matin. L’OPA de Spiderman Inc. a refroidi les investisseurs qui ont préféré placer leurs économies dans Macrofaune and Son’s. On reproche à Bactéries and Co des zones d’ombre sur leur comptabilité et l’absence de résultats probants sur leur gamme de produits low-tech. Par ailleurs, il est reproché à la gouvernance une trop grande dispersion dans de nombreux secteurs d’activité, aux dépends d’une visibilité plus efficace de la marque. Rappelons que le PDG de Bactéries and Co, Carlos goshnus, est toujours retenu au Japon pour malversations dans les dossiers de trafic de phosphore, de respiration fantôme, et de défaut de biodiversité.

Lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier ont permis aux chercheurs de s’essayer à l’écriture de textes à destination d’autres publics que leur public académique naturel.

(Textes écrits lors de la séquence « Ecrire c’est choisir. »)

Version 1 

Les frasques des Burkholderia ont encore défrayé récemment la chronique lorsqu’une population de B. cepacia, échappée de son champ de maïs, a fait une apparition aussi soudaine que spectaculaire à la clinique du Géranium. L’incident aurait pu passer inaperçu si ces bactéries telluriques n’avaient pas exhibé honteusement leur pathogénicité et fait étalage de leurs gênes de résistance aux antibiotiques les plus en vue du moment. La population en question a immédiatement été lyophilisée et génotypée pour fichage et ses droits métaboliques lui ont été retirés. En pleine semaine de la citoyenneté microbienne, on peut se demander si ces organismes ont encore leur place dans notre biocénose…

Version 2

On a longtemps considéré les bactéries du sol comme des sous-citoyens, incapable de faire preuve d’interactions avec les autres communautés ou d’apporter un quelconque service à l’écosystème. On sait aujourd’hui que beaucoup d’entre elles prennent leur rôle très au sérieux et sont prêtes à s’impliquer dans la vie locale pour défendre les intérêts de la communauté. Il existe certes certaines guildes très influentes dans le fonctionnement de l’écosystème mais les dernières études socio-microbiologiques montrent que la coopération est plutôt la règle et que les individualistes, plus connus sous le nom de « single singletons », ont du mal à faire leur niche et sont rapidement exclus de toute base de données de séquences…

Lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier ont permis aux chercheurs de s’essayer à l’écriture de textes à destination d’autres publics que leur public académique naturel.

Petit et actif, il grouilla
Résidus, débris végétaux, il digéra
Humide et mou, il n’est pas très gras
Juste sous ce tas de feuille, il habita
On ne l’entend pasIl ne râle pas
Paul un peu distrait marcha
Et écrasa Eisenia

Lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier ont permis aux chercheurs de s’essayer à l’écriture de textes à destination d’autres publics que leur public académique naturel. Quelques exemples.

Bactéries, vous nous en faites dire des mots. Certes, on vous ausculte au plus près, on vous affuble de tous les noms à la limite de l’indécence. Il faut dire que vous, vous maîtrisez la résistance car malgré tout ce temps passé en votre compagnie, on ne sait pas quoi faire de vous. Rendez-vous compte, chercheurs que nous sommes, on ne sait pas qui vous êtes.

Lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier ont permis aux chercheurs de s’essayer à l’écriture de textes à destination d’autres publics que leur public académique naturel. Quelques exemples.

Lors de l’école thématique/école chercheur Micmo2019, des ateliers d’écriture, animés par Elisabeth Leciak et Tiphaine Chevallier ont permis aux chercheurs de s’essayer à l’écriture de textes à destination d’autres publics que leur public académique naturel. Quelques exemples.

Je vais te présenter la bactérie. C’est un petit sac qui paraît tout simple, presque vide. Au milieu trône un chromosome aussi rond qu’une queue de pelle. Quand tu lui offres une douceur, voilà qu’elle s’affole et se réplique pour donner une multitude de petites sœurs qui te disent « merci ». La plupart t’habitent et t’aident mais gare à celle qui porte le gène de la méchanceté ! L’abriter pourrait nuire à ta gaité et à ton bien-être. Par chance, elle n’est pas très fréquente. La bactérie est ton amie même si jamais tu ne la vois et jamais ne t’en soucies !